Vào mùa mưa lũ, nhiều khó khăn phát sinh do môi trường nuôi thủy sản biến động. Môi trường thay đổi đột ngột và ô nhiễm làm thủy sản nuôi bị yếu do sốc, dẫn đến bỏ ăn, thậm chí bị chết do nhiễm dịch bệnh:
Nước ta là nước có diện tích ao hồ, sông suối lớn rất thuận tiện cho nuôi cá. Cá được nuôi chủ yếu như: trắm cỏ, chép, rô phi và một vài đối tượng có giá trị kinh tế như: cá tầm, cá lăng, cá chình… nhưng không đáng kể, năng suất còn thấp, quy mô nhỏ lẻ, thiếu bền vững, chưa tương xứng với tiềm năng.
Kim Sơn là huyện trọng điểm nuôi trồng thủy sản ở Ninh Bình với diện tích năm nay lên đến 2.557 ha, trong đó có 1.907 ha tôm sú, 615 ha ngao, 50 ha tôm thẻ chân trắng. Theo người dân đánh giá năm này vừa được mùa vừa được giá.
Tôm nuôi ở độ mặn cao dễ bị dịch bệnh, nhất là các bệnh virus đốm trắng, đầu vàng, vi khuẩn phát sáng và EMS. Vì vậy, người dân đang có xu hướng nuôi tôm ở độ mặn thấp (<10‰). Với loại hình nuôi này, cần lưu ý một số vấn đề.