1. Do thiếu hoặc mất cân đối dinh dưỡng đa lượng
Trong mùa mưa, cây cà phê phát triển rất mạnh, đâm chồi, ra cành, nuôi quả… Nếu lượng dinh dưỡng không đủ thì cây cà phê sẽ phát triển chậm lại, cành lá ít đi, đồng thời quả non sẽ rụng. Các loại dinh dưỡng cần thiết nhất trong giai đoạn này như đạm để phát triển cành, chồi; hay lân để phát triển bộ rễ, ra rễ mới và giúp cho quá trình quang hợp xảy ra mạnh hơn; kali giúp cho quá trình vận chuyển các chất trong cây thuận lợi, đồng thời làm cho nhân to, hạn chế rụng quả non.
2. Do thiếu các yếu tố trung, vi lượng
Hầu hết các vườn cây cà phê kinh doanh qua quá trình canh tác lâu dài nếu không bổ sung kịp thời dinh dưỡng thì sẽ thiếu một số nguyên tố trung vi lượng như: sắt, đồng, kẽm, Bo, Molipden, Mangan, lưu huỳnh, canxi, ma giê...
Đối với cây cà phê thiếu kẽm thường có chồi ngọn ngắn, lá nhỏ, cây phát triển chùn lại, đốt ngắn. Thiếu sắt thường xuất hiện đối với cà phê con, còn nhỏ hoặc trong vườn ươm, lá vàng, gân lá xanh hiện rõ và lá nhỏ hơn bình thường. Thiếu Bo cũng dễ nhìn thấy ở chồi ngọn bị ngắn, một số lá dài hơn bình thường ít gợn sóng, lá biến dạng, mỏng. Thiếu ma giê lá vàng nhưng gân lá còn xanh. Thiếu lưu huỳnh đa số các lá có màu vàng nhạt đến trắng, thường biểu hiện trên toàn bộ vườn cà phê có nhiều cây đồng loạt lá trắng.
Một số loại nấm hại rễ như Fusarium sp, Rhizoctonia sp... xâm nhiễm vào rễ làm rễ cây bị đen, thối và đứt, lớp vỏ của rễ cọc bị bong tróc và khô. Khi bị nặng làm cây sinh trưởng chậm, lá vàng, cây còi cọc.
4. Do tuyến trùng
Tuyến trùng gây hại làm cây bị vàng lá, sinh trưởng kém mặc dù có bón phân đầy đủ do rễ bị tổn thương không hấp thu được dinh dưỡng. Có 2 loại tuyến trùng gây sưng rễ (meloidogyne spp), làm rễ sưng thành từng vết u cả rễ lớn và rễ nhỏ. Tuyến trùng gây thối rễ (Pratylenchus spp) không làm sưng rễ nhưng làm cho rễ bị đen và thối rễ tơ.
5. Do sâu bệnh hại
Bệnh khô cành, khô quả do nấm Collectotrichum coffeanum làm rụng quả khi còn xanh cho đến chín. Biểu hiện rõ nhất trên cành có quả vàng dần và khô, đen, rụng. Bệnh xuất hiện trên vườn cà phê chăm sóc kém, thiếu dinh dưỡng. Bệnh phát sinh vào đầu mùa mưa và kéo dài suốt trong mùa mưa kéo dài đến khi thu hoạch.
Bệnh nấm hồng do nấm Corticium salmonicolor gây ra. Bệnh này biểu hiện rõ khi trên cành quả có lớp nấm mỏng màu trắng như bụi phấn, sau đó lớp phấn này chuyển sang màu hồng. Bệnh phát sinh chủ yếu trên cành và lan dần đến cuống quả và quả. Bệnh làm lá bị vàng, quả non bị rụng và cành chết khô.
6. Do rệp sáp
Rệp sáp sống trên chùm quả chích vào cuống quả, quả non làm quả khô và rụng. Khi bị nặng có thể thấy chùm quả màu trắng và có rệp sáp sống trong khe của chùm với cuống, cành quả.
7. Do mọt đục quả
Mọt đục một lỗ nhỏ cạnh núm quả và chui vào trong nhân, đục phôi quả, đẻ trứng trong quả làm quả vàng và chín sớm, sau đó khô dần và rụng.
1. Cung cấp đầy đủ dinh dưỡng: Đối với vườn cà phê bị thiếu dinh dưỡng chúng ta cần phải bón phân đầy đủ các yếu tố đa lượng và trung vi lượng như đạm, lân, kali, canxi, lưu huỳnh, ma giê, Bo, đồng, kẽm... Để cân đối lượng dinh dưỡng, trung bình mỗi ha trong một năm cần phải bón lượng đạm nguyên chất N từ 200-250kg (450-550 kg urê), 100-150kg lân P2O5 (600-700kg phân lân Văn Điển hoặc tương đương), 200-250kg kali K2O (450-500kg Kali clorua). Nếu không dùng phân đơn chúng ta có thể bón phân NPK Trường Sinh cho cây cà phê với lượng từ 1500-2300kg/ha/năm.Ngoài ra cũng cần bổ sung phân bón trung, vi lượng 2-3 lần/năm trong thời gian đang có quả non bằng cách phun qua lá hoặc bón gốc.
2. Cắt tỉa cành, tạo tán: Cần phải bấm tỉa cành, tạo bộ khung tán cân đối, bỏ chồi vượt thường xuyên, loại bỏ những cành tăm, cành khô, cành mọc ngược để cây thông thoáng và nuôi dưỡng những cành đang có quả, cành dự trữ, loại bỏ các cành không cần thiết. Đốt bỏ cành bị mọt, bị khô để hạn chế lây lan dịch bệnh.
4. Phun các loại thuốc trị rệp sáp, mọt đục quả nếu có rệp sáp hoặc mọt đục quả trên cây, chùm quả.
